1、靠见效速度评价商品好坏微生物肥料效果的发扬与微生物菌群繁衍速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调理剂的区别，这也就出现了微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调理剂的现象。见效慢并不意味着微生物是无效果的，能在较长工夫内就可以看到作物长势清楚改善的品种也未必是好的广东菌肥或菌剂，其中也不乏一些添加了植物调理剂的品种。

2、种类混乱，分不清运用的是菌剂还是广东菌肥微生物肥料包括复合微生物肥料和生物无机肥：复合微生物肥料是有益微生物与营养物质复合而成的活菌制品；生物无机肥是有益微生物与经无害化处置的无机物料（畜禽粪便、农作物秸秆等）复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥的区别在于商品中营养物质及无机物料的含量，运用中需结合理论需求选择对路商品。

3、以爲一种商品中菌的种类越多、菌种数量越大越好微生物肥料的运用效果会遭到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易构成菌种间的拮抗，影响效果发扬。数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，运用后起作用的只需活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。影响商品运用效果的要素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当商品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影呼使用，市场上少数不合格商品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，运用了不合格品种，反而会惹起致病菌繁衍，招致病害发作。

4、以爲运用一次就可以，一次运用作用可持续多年部分微生物施入土壤后会大批繁衍，当数量抵达一定程度后就会成爲优势菌群，但随着外部环境的改动，如化肥的超量运用、杀菌剂的运用、高温闷棚等都会招致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续坚持有益菌群的地位，就需求在作物的生暂时多次运用微生物肥料来补充有益菌。

5、不注重菌的种类，以爲一种菌可以处置多种成果菜农在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的看法，运用了不对症的菌品种，商品效果难以发扬，难以抵达用户目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、无机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。

6、微生物肥料可以替代化肥土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，运用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促退步学肥力和物理肥力的提高。运用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料使用率，添加部分化肥的投入。

二、微生物肥施用上的误区：不只在对微生物肥料看法上存在误区，在运用进程中也异常存在误区，而在运用时没有避开这样的误区就会构成微生物肥料没有效果。运用中存在的误区有以下三个方面：

1、与杀菌剂混用，降低活性微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合运用且长时间放置，极易影响菌的活性降低并构成部分菌死亡。

2、注重运用，轻视运用量运用微生物肥料商品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类单一、数量庞大，接种的外来有益菌要构成优势菌群，需求阅历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，爲了促进有益菌的繁衍需求人爲创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度；增施无机肥，提高土壤物理肥力；添加微生物菌的数量等。

3、运用时期掌握不当多数微生物怕紫外线、高温，所以土壤表层撒施、高温强光下喷雾运用一定没有效果。做底肥、沟施、穴施、灌根运用时采取局部用肥的方法更有利于肥效的发扬。不同类型的微生物菌剂不要乱用。比如用于粪肥发酵的菌剂中主要含量嗜热菌、厌氧菌等，可以顺应粪肥发酵时发作的高温环境，而运用普通的菌剂或菌肥不只没有效果还会构成资金糜费。